Najdawniejsza historyczna wzmianka o Białym Dunajcu pochodzi z 1564 r., kiedy to lustratorzy dóbr królewskich wymienili tę osadę jako nową, w której było sześciu kmieci. Akt lokacyjny Białego Dunajca został wystawiony w piętnaście lat później ? 23 lutego 1579 r. Zasadźcą wsi osadzonej na prawie niemieckim został kmieć Jędrzej Pawlik, który był też pierwszym sołtysem. Po nim funkcję sołtysa pełnili jego potomkowie, którzy za udział w wojnach na kresach Rzeczypospolitej (m.in. z Rosją za króla Stefana Batorego, czy z Turcją za króla Zygmunta III Wazy) zostali nobilitowani i uzyskali nazwisko Pawlikowski. W XVII wieku obszar wsi Biały Dunajec sięgał wierzchołków Tatr. Podstawą utrzymania białodunajczan była hodowla owiec (w 1692 r. naliczono ich 2 tys.sztuk).

W czasie rozbiorów jako część Galicji, Biały Dunajec trafił pod panowanie Austrii. W 1809 roku na licytacji Biały Dunajec i osiem innych wsi oraz rozległe terytoria tatrzańskie, zostały sprzedane Tomaszowi Uznańskiemu. Podczas autonomii galicyjskiej w roku 1865, ustawą Sejmu Krajowego utworzono samorząd gminny. Kadencja wójta i rady trwała wówczas 5 lat. Już wtedy gmina białodunajecka miała własny herb przedstawiający na błękitnym tle poziomo ułożoną białą rybę a nad nią trzy złote gwiazdy sześcioramienne ułożone trójkątnie. W dniu 27 listopada 1873 r. w Białym Dunajcu przychodzi na świat Andrzej Galica, późniejszy generał, legionista Józefa Piłsudskiego, twórca Pułków Strzelców Podhalańskich, poseł, senator, poeta. W 1920 dowodził 21 Dywizją Piechoty Górskiej zwycięsko pokonując wojska Lenina pod Warszawą . Jego pomnik znajduje się przy Urzędzie Gminy w Białym Dunajcu. W roku 1884 galicyjska c.k. rada szkolna krajowa zorganizowała w Białym Dunajcu filialną szkołę, która mieściła się w prywatnym domu, dzierżawionym na cele oświatowe. W 1889 roku białodunajczanie przystąpili do budowy własnej szkoły. Zlokalizowana ona jest w dolnej części wsi i nosi imię Kazimierza Wielkiego. W roku 1910 wybudowano drugi budynek szkolny, w górnej części wsi, noszący imię Świętej Jadwigi Królowej Polski. W roku 1902 została założona Ochotnicza Straż Pożarna. W latach 1913-1914 w pensjonacie Teresy Skupień mieszkał Włodzimierz Lenin. W 1919 roku wybudowano fabrykę tektury korzystającą z energii z turbin wodnych napędzanych siłami potoku Biały Dunajec. W latach 20. powstał też młyn walcowo-turbinowy. Jeżeli chodzi o administrację kościelną, to Biały Dunajec należał początkowo do parafii nowotarskiej a później do Szaflar. Pod koniec XIX wieku białodunajczanie podjęli starania o budowę kościoła. Zostały one uwieńczone powodzeniem dopiero w okresie dwudziestolecia międzywojennego, kiedy to wybudowano kościół oraz ustanowiono w 1938 roku samodzielną parafię pw. Matki Bożej Królowej Aniołów. Górna część Białego Dunajca (ul. Batorego, ul. Generała Galicy, ul. Miłosników Podhala, ul. Piłsudskiego, ul. Skupniowa) należy do parafii Poronin od samego początku jej istnienia (1834).

W latach pięćdziesiątych nastąpiła elektryfikacja wsi. W latach sześćdziesiątych wybudowano dom nauczyciela i ośrodek zdrowia. W roku 1964 założono urząd pocztowy, a od roku 1973 Biały Dunajec jest siedzibą filii banku spółdzielczego. W latach dziewięćdziesiątych wieś została zwodociągowana, skanalizowana i przeprowadzono telefonizację na szeroką skalę. W 2006 roku wybudowano Gminną Halę Sportową.

Obecnie Biały Dunajec kwatery oferują bazę noclegów w tej tatrzańskiej miejscowości.